Tại hội nghị thường niên MUFON năm 1973, được tổ chức ở Akron, Ohio, Hynek lần đầu tiên bày tỏ sự nghi ngờ về giả thuyết ngoài Trái Đất (trước đây là liên hành tinh hoặc liên thiên hà), trong bài phát biểu có tựa đề "The Embarrassment of the Riches" (Sự xấu hổ của người giàu). Ông nhận thức được rằng số lần những vụ nhìn thấy UFO cao hơn nhiều so với số liệu thống kê của Dự án Blue Book. "Một vài trường hợp tốt mỗi năm, trên khắp thế giới, sẽ củng cố giả thuyết ngoài Trái Đất—nhưng có hàng ngàn trường hợp mỗi năm? Từ những vùng xa xôi trong vũ trụ? Và đến vì mục đích gì? Hù dọa chúng ta bằng cách dừng xe, và làm phiền động vật, và làm chúng ta bối rối bằng những trò hề dường như vô nghĩa của họ?"[11]

Trong một bài nghiên cứu được trình bày tại Hội nghị chuyên đề chung của Viện Hàng không & Du hành Vũ trụ Hoa Kỳ ở Los Angeles năm 1975, ông đã viết, "Nếu bạn phản đối, tôi yêu cầu bạn giải thích—về mặt định lượng, không phải định tính—hiện tượng được báo cáo về vật chất hóa và phi vật chất hóa, về sự thay đổi hình dạng, bay lơ lửng không tiếng ồn trong trường hấp dẫn của Trái Đất, gia tốc mà—đối với một khối lượng đáng kể—đòi hỏi các nguồn năng lượng vượt xa khả năng hiện tại—ngay cả khả năng lý thuyết, về hiệu ứng E-M nổi tiếng và thường được báo cáo (ý chỉ nhiễu điện từ), hiệu ứng ngoại đối với tri giác, bao gồm cả giao tiếp thần giao cách cảm có mục đích."[12]

Năm 1977, tại Hội nghị UFO Quốc tế đầu tiên ở Chicago, Hynek đã trình bày suy nghĩ của mình trong bài phát biểu "What I Really Believe About UFOs" (Điều tôi thực sự tin về UFO). "Tôi tin", ông nói, "toàn bộ hiện tượng UFO là có thật, nhưng tôi không bảo rằng nó chỉ là một thứ gì đó. Chúng ta phải hỏi liệu sự đa dạng của UFO quan sát được... đều xuất phát từ cùng một nguồn cơ bản, cũng như các hiện tượng thời tiết, đều bắt nguồn từ bầu khí quyển", hoặc liệu chúng có khác nhau "vì mưa khác với thiên thạch, do đó khác với cơn mưa tia vũ trụ." Chúng ta không được hỏi, Hynek nói, chỉ đơn giản là giả thuyết nào có thể giải thích được nhiều sự thật nhất, mà là giả thuyết nào có thể giải thích những sự thật khó hiểu nhất.[13]

Liên quan đến các giả thuyết về trí thông minh ngoài Trái Đất (ETI) và trí thông minh ngoài chiều kích (EDI), Hynek tiếp tục, "Có đủ bằng chứng để biện minh cho cả hai". Như bằng chứng cho giả thuyết ETI, ông đã đề cập đến các trường hợp liên quan đến radar là bằng chứng tốt về một thứ gì đó rắn chắc, cũng như các trường hợp bằng chứng vật lý. Sau đó, ông chuyển sang bảo vệ giả thuyết EDI: ngoài những quan sát về vật chất hóa và phi vật chất hóa, ông đã trích dẫn hiện tượng "poltergeist" (linh hồn quấy phá) mà một số người gặp phải sau một cuộc gặp ở cự ly gần; các bức ảnh UFO, đôi khi chỉ trong một khung hình và không được các nhân chứng nhìn thấy; sự thay đổi hình dạng trước mặt các nhân chứng; câu hỏi khó hiểu về giao tiếp thần giao cách cảm; rằng trong những cuộc gặp gỡ gần ở cự ly gần với loại thứ ba, các sinh vật dường như đang ở nhà dưới lực hấp dẫn và bầu khí quyển của Trái Đất; sự tĩnh lặng đột ngột trước sự hiện diện của con tàu; hiện tượng nâng bổng ô tô hoặc người; và sự phát triển của một số khả năng ngoại cảm sau một cuộc chạm trán. "Chúng ta có hai khía cạnh của một hiện tượng hay hai tập hợp hiện tượng khác nhau?" Hynek hỏi.[14]

Cuối cùng, ông đưa ra một giả thuyết thứ ba. "Tôi hoàn toàn có thể làm được", ông nói, "một công nghệ tồn tại, bao gồm cả vật chất và tâm linh, vật chất và tinh thần. Có những ngôi sao lớn hơn Mặt Trời hàng triệu năm. Có lẽ có một nền văn minh tiến bộ hơn hàng triệu năm so với con người. Chúng ta đã đi từ Kitty Hawk lên Mặt Trăng trong bảy mươi năm, nhưng có khả năng một nền văn minh hàng triệu năm tuổi có thể biết được điều gì đó mà chúng ta không biết... Tôi đưa ra giả thuyết về một loại công nghệ 'M&M' bao gồm các lĩnh vực tinh thần và vật chất. Địa hạt tâm linh, rất bí ẩn đối với chúng ta ngày nay, có thể là một phần bình thường của một nền công nghệ tiên tiến."[15]

Trong cuốn sách của Hynek và Vallee xuất bản năm 1975 nhan đề The Edge of Reality (Khía cạnh của thực tại), Hynek đã xuất bản một bức ảnh lập thể về UFO mà ông chụp trong một chuyến bay. Theo cuốn sách, vật thể ở trong tầm nhìn đủ lâu để Hynek tháo máy ảnh ra khỏi hành lý và chụp hai lần phơi sáng.[16] Nhà nghiên cứu UFO Robert Sheaffer viết trong cuốn sách của mình nhan đề Psychic Vibrations (Rung động tâm linh) cho rằng Hynek dường như đã quên những bức ảnh khi sau này ông nói với một phóng viên của tờ The Globe and Mail là mình chưa bao giờ nhìn thấy UFO.[17] Bài báo nói rằng trong tất cả những năm ông ấy đã ngước nhìn lên trên, Hynek "chưa từng nhìn thấy' những gì tôi rất muốn thấy. Ôi, chủ đề đã bị chế giễu đến mức tôi sẽ không bao giờ báo cáo về UFO ngay cả khi tôi đã nhìn thấy một chiếc UFO—mà không có nhân chứng'".[18]